さてご指摘の件ですが、現状では、設計に取り掛かる以前から、
業者は市に計画について相談し、その後事前協議を重ねています。
事前協議が整った段階で、建築確認申請となります。

中高層建築物の場合は、建築確認申請の要件に、
周辺住民への説明　が加わっていますので、確認申請の前に
住民が知るところとなりますが、環境管理センターに関しては
確認申請以前に、住民が知りうるチャンスがありませんでした。

宅地開発が伴う場合は、この事前協議の段階で、
情報が公開される（情報公開請求をすれば、ですが）ように、
要綱が変りました。
これは、相次ぐ高層マンション建設での住民とのトラブルで
市が対策を図ったものですが、本質的な解決策ではありません。
 
廃棄物処理施設の場合は、一定範囲内の住民合意を許可条件とする
ことを指導要綱に定めていますが、今回の事例はこのケースにも
当てはまりません。

建築基準法上は、分析センターは「事務所」で申請すれば違法ではない
ので、市の建築部としては許可をせざるを得ない、というのが現状です。
その際には、環境面のチェックも一応なされており、排水に関しては、
水質汚濁防止法に則って、環境規制課が審査し、許可を出しています。
 
行政は、個人の財産権を盾に規制ができない、と主張しますが、
たとえば、今回のように
近隣商業地域のような公益的な用途地域への建設の場合、
また住居地域であっても環境やまちづくり上、影響の大きい建築物
に関しては、住民を交えた事前審査制度を適用することが
有効である、と私も考えます。
情報公開に関して、前進の方向は向いていますが、確実な一歩は
踏み出していない、というのが現状です。

専門的な知識や市民生活の実情を踏まえて、真剣に検討し
提案しべき、待ったなしの状態であると感じています。

なお、環境管理センターに関しては、仰るとおり、現段階で
法的措置で差し止めるというのは、明確な根拠（事業者の法令違反など）
が無いと、非常に難しいだろうと思います。

工事は着々と進むという現状を鑑みると、
操業後の第三者や住民によるチェック機能をいかに構築するか、
環境データや新規事業などに関する情報公開のあり方をどうするか、
地域の一員としての自覚をどのように持ってもらうか等々、
事前に詰めねばならないことがたくさんあるのですが、
反対運動の傍ら、こういった準備がなされていないと、
騒ぐだけ騒いで、奔放な操業を許してしまった、ということに
なりかねません。
一部の方にはそのこともお伝えしているところです。

これは、おゆみ野の特徴ですが、
URの持っている広大な計画地に関しては、
市というよりも、「UR」と住民とが事前にどんな施設であれば
住民に愛され親しまれるか、ということを、
土地を売却する前の段階で話し合うことが必要だと思います。
もちろん、この話し合い内容は住民に広く公開されることが
最低条件です。
公開することで、URの動きを縛ることができると考えます。